吳兆元（？—1644年），字公策，福建興化府莆田縣（今福建省莆田市）人，明朝末期政治人物、萬歷進(jìn)士。萬歷四十年（1612年）壬子科福建鄉(xiāng)試舉人，萬歷四十一年（1613年），聯(lián)捷進(jìn)士，授確山縣知縣，累官至廣東韶州府知府，累升至廣東參政。崇禎元年（1628年），郡守卓異賜宴者四人，兆元第一。升任江西左布政使。隨后降為江西右參議。崇禎三年（1630年），改江西副使、后升任江西按察使。崇禎四年（1631年），改廣東右布政使、隨后任云南左布政使，上京入覲，軍民土司送者至馬不得行。崇禎十二年（1639年），任云南巡撫，召見平臺，御賜銀幣，因面陳機(jī)宜，獎(jiǎng)勞有加。甲申（1644年），闖賦陷闕，兆元痛哭勤王，鞠躬盡瘁，卒于官，臨歿無一語及私云。